学术简报
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J9如何赋能复杂GPCR靶点突破：从构象动力学到变构调节剂
系统解析 G 蛋白偶联受体跨膜信号转导机制，探讨结合微观力场增强采样技术如何捕捉微弱变构激动构象。
系统分层与技术指标
J9分层计算架构与工业级验证指标
平台贯通基础生物医学数据、生成式深度学习模型、高精度量子动力学仿真以及湿实验验证流水线，形成自进化计算闭环。
04
湿实验验证闭环层 (Wet-Lab Feedback)
高通量SPR分子互作测定、自动化化学合成机器人对接与冷冻电镜结构复核，数据实时回传调优算法模型。
03
微观动力学与自由能模拟层 (Molecular Dynamics & FEP)
集成增强采样技术与高精度自由能微扰计算，真实重现口袋柔性形变与纳秒至微秒级配体结合动力学。
02
生成式算法与虚拟筛选层 (Generative AI & Virtual Screening)
基于三维等变扩散网络与图变换器架构，实现先导骨架从头跃迁设计，秒级打分完成数亿级分子库空间初筛。
01
多模态生物医学数据底座 (Biomedical Multimodal Data)
整合靶点蛋白质组、全基因组关联分析(GWAS)、冷冻电镜三维密度图谱及专利分子构效数据库。
盲测确证技术指标
晶型预测 RMSD < 0.8Å
经 50+ 真实湿实验项目盲测闭环检验，复杂多晶型晶胞参数预测值与单晶 X 射线衍射(SCXRD)数据偏差均值低于 0.8Å。
万亿分子并行吞吐能力
支持超 500 亿级虚拟分子库超高速对接，GPU 集群吞吐效率提升 28 倍。
全流程法规审计支持
全程符合 GxP 规范与 21 CFR Part 11 数据完整性与电子签名合规要求。
核心算法矩阵
六维技术矩阵赋能高命中率药物发现
基于高维特征表征与物理力场混合驱动，构建从靶点结合、分子进化到体内药效评价的算法防护网。
ALGO-01
全靶点生成式从头设计
基于三维口袋空间自适应填充算法，直接生成结构新颖、化学可合成性优异的骨架分子，突破专利包围墙。
ALGO-02
万亿级分子空间极速探索
研发层级式图索引过滤技术，针对百亿级虚拟构筑库实现单节点毫秒级打分，精准捕获纳摩尔级高亲和先导物。
ALGO-03
结合亲和力极速预测
量子化学力场与神经网络能量项融合架构，精准量化氢键、疏水与π-π堆积自由能，预测误差低于1.2 kcal/mol。
ALGO-04
成药性(ADMET)全维评估
包含水溶性、膜通透性、CYP450代谢表型及hERG心脏毒性等50余项药代药毒指标的多目标联合优化分析。
ALGO-05
冷冻电镜密度图精细解析
融合局部原子重构模型，在低信噪比与柔性构象图谱中自动化定位瞬态变构口袋，指导难成药靶点精准成药。
ALGO-06
主动学习湿实验协同反馈
建立计算假设与体外生化实测的动态回馈网络，单轮迭代仅需测试极少数关键化合物即可校正泛化误差。
前沿计算模块
申请管线算力配置
重点支持的研发管线与专用计算引擎
覆盖肿瘤免疫小分子、工程化重组抗体及前沿RNA靶向药物，针对各类分子实体深度定制算法求解策略。
小分子先导物
成熟度: PCC候选推荐
肿瘤免疫小分子设计平台
聚焦泛素-蛋白酶体系统(PROTAC/分子胶)及新型激酶抑制剂设计，解决变构耐药突变体分子亲和力衰退瓶颈。
日均虚拟通量
1.2 亿分子 / 节点日
代表性靶点
KRAS-G12D, EGFR-C797S
大分子生物药
成熟度: 亲和力成熟期
大分子抗体工程优化系统
实现CDR构象环从头预测、表位精确对准、人源化改造以及纳米抗体与双特异性抗体的高热稳定性工程化改良。
CDR优化计算耗时
< 48 小时 / 单抗
热解离温度(Tm)提升
平均 +4.5 ℃
RNA 靶向疗法
成熟度: 早期机制探索
RNA靶向药物分子计算引擎
通过深度生成模型预判RNA复杂发夹环三级动态空间折叠，高精度筛选结合RNA结合口袋的活性小分子及反义寡核苷酸。
RNA二级构象覆盖率
96.8% 高精度匹配
应用场景
miRNA阻断剂, 病毒剪接抑制
端到端研发推进
智能制药管线四阶协同机制与周期对比
从靶标成药性推断到临床前候选物(PCC)固化，数字化标准作业程序大幅压缩无效试错周期。
01
靶标识别与机制推断
通过多组学关联与致病突变定位成药口袋，评估变构调控潜力与结合自由能。
传统研发耗时:约 6 个月
平台计算交付:7 个工作日
02
先导化合物高通量生成
运行三维扩散生成算法与超大规模类药库初筛，挑选具有母核稳定性的Top苗头化合物。
传统研发耗时:约 12 个月
平台计算交付:14 个工作日
03
结构修饰与多参数优化
平衡亲和力、溶解度、清除率及毒性风险，结合自动化微流控化学合成推进SAR迭代。
传统研发耗时:约 18 个月
平台计算交付:21 个工作日
04
临床前候选物(PCC)确证
进行全套动物体内药代动力学校验与晶型稳定性筛查，锁定核心候选化合物进入IND。
传统研发耗时:约 24 个月
平台计算交付:60 个工作日
算力集群与前沿探索
以极限异构算力攻克“不可成药”靶点空间
突破传统静态晶体结构的认知边界，在飞秒级原子涨落与微秒级蛋白质多构象漫步中捕获微弱成药信号。
Ω
异构超级计算集群架构
统一调度万卡级高性能 GPU 与专用分子张量加速处理器，提供超 120 PFLOPS 混合精度药学专属算力支持。
Ψ
量子化学高精度混合算法
集成密度泛函理论(DFT)与经典分子力学(QM/MM)无缝嵌入方案，精确解析电荷转移、金属配位及共价结合历程。
Δ
无序蛋白(IDP)构象系综解析
应用无偏马尔可夫态模型解构天然无序蛋白的瞬态折叠平衡态，为转录因子、相分离凝聚体带来首创药物研发通路。
标杆成药验证
标杆药企研发案例与湿实验交付记录
严谨的数据闭环检验，记录从靶点立项到化合物实测活性确证的真实商业落地历程。
难治性实体瘤靶点
合作方: 某国际化创新药企
变构抗耐药激酶高选择性小分子抑制剂发现
面对三代靶向药耐药位点突变，传统方法无法兼顾对野生型激酶的选择性。平台针对变构深袋开展生成式骨架设计，21天内递交Top 20合成候选物。
计算交付耗时
21 天 (原规划18个月)
湿实验IC50测定
3.2 nM (纳摩尔级)
激酶选择性窗口
> 40 倍提升
知识产权成果
已提交 PCT 专利 3 项
阶段现状: 目前已完成非人灵长类动物 PK 验证，顺利进入 IND-enabling 研究阶段。
难成药 PPI 界面
合作方: 某上市 Biotech 科研团队
靶向转录因子泛素连接酶新型分子胶诱导剂筛选
传统平坦蛋白结合表面缺乏深口袋，筛选命中率极低。平台运用界面微扰变构评分，从200亿可合成虚拟库中精确定位二元复合物结合界面修饰位点。
虚拟筛选规模
200 亿 化合物空间
晶体结构复核
RMSD 0.62Å 吻合
靶蛋白降解 DC50
< 15 nM
交付周期
30天完成候选实体合成
阶段现状: 结晶学数据已完全确证结合构象，首批两个候选衍生物正开展体内抑瘤试验。
交叉学科智囊
计算生物学与医药科学交叉科研团队
汇聚国际前沿计算化学专家、结构生物学家与资深药物化学家，以工程化严密逻辑支撑底层算法演进。
周维 博士
计算化学首席专家 · 兼技术委员会主席前知名跨国药企计算化学总监，拥有超 20 年分子动力学、FEP 力场及大分子构象转换研究经验，主导推进 4 个候选小分子进入临床阶段。
研究领域: 自由能微扰 / 变构调节机制
林若曦 教授
结构生物学首席科学家国家重点实验室特聘研究员，在膜蛋白晶体学与高分辨率冷冻电镜单颗粒三维重构领域解析超过 40 个重要 GPCR 原子级复合结构。
研究领域: 冷冻电镜解析 / 跨膜蛋白动力学
沈明达 博士
人工智能算法副总裁专注于几何图神经网络、三维等变扩散生成模型与多目标优化算法，曾于 NeurIPS, ICML 发表高引论文 30 余篇。
研究领域: 扩散分子生成 / 几何深度学习
99.2%
靶点构象对接有效率
经实验测定结构盲测确证
100+
合作药企与科研院所
涵盖跨国巨头与前沿Biotech
500B+
动态虚拟化合物库
全部具备明确化学合成路由
1/4
研发周期平均压缩比
大幅减少传统反复试错周期
业内信赖评价
创新药企与学术实验室带头人评价
来自抗肿瘤、自体免疫及罕见病新药一线攻坚者的真实项目协同反馈。
“J9在先导化合物多参数优化上的精准度令人惊喜。以往我们合成团队需试错数百个衍生物，现在仅合成了20个分子就确证了活性，研发成本降低了至少60%。”
陈汉青 博士
某创新药企研发执行副总裁
“在面对复杂变构口袋和难成药转录因子结合时，算法给出的结合构象与我们最终解析的冷冻电镜三维复合物结构吻合度达到0.7Å以内，极具前瞻指导价值。”
赵明达 教授
国家重点实验室化学生物学学科带头人
“平台严密的数据隔离与 GxP 电子记录合规保障，使我们在推进中美双报时省去了极大的合规审计成本。这是国内极少数真正能达到跨国法规标准的生物计算平台。”
孙文杰
纳斯达克上市 Biotech 研发副总裁
协同科研生态
产学研战略伙伴与联合计算实验室
国家超级计算中心
异构算力支撑基地
结构生物学前沿实验室
冷冻电镜联合解析中心
生物医药创新先导基地
先导化合物筛选基地
重点药科大学药学院
计算化学博士后流动站
国际蛋白质组联合组
亲和组学验证网络
临床前评价中心 CRO
GLP级体内外药效协同
ISO
ISO/IEC 27001 认证
云端计算与数据流转通过信息安全管理体系认证。
CFR
FDA 21 CFR Part 11
电子签名与不可篡改审计追踪，满足申报审查规范。
GxP
数据主权物理隔离
项目靶点与分子数据支持私有加密仓存储及本地化部署。
TEE
机密可信计算沙箱
基于硬件级隔离环境执行算法，杜绝多租户数据穿透。
答疑解惑
药企合作与技术接入常见问题
围绕平台算力交付、数据确权、私有化方案与验证周期的核心说明。
平台支持哪些类型的分子计算与靶点机制？ ▼
平台全面支持传统小分子化学药物从头设计、PROTAC/分子胶等靶向蛋白降解剂、共价抑制剂、单克隆及双特异性抗体亲和力成熟、以及新型 RNA 靶向结合小分子的三维空间动力学模拟。无论靶点是否具有公开的高分辨率晶体结构，均可通过冷冻电镜建模或同源结构拓扑预测切入。
合作产生的新分子结构及计算数据知识产权归属如何界定？ ▼
所有合作方提供或在合作项目框架下生成的先导分子专利、衍生化学结构、生化活性实验数据知识产权均100%归属于合作客户。平台仅收取标准化算力服务或联合研发阶段里程碑费用，合同条款明确约束平台不得保留、反向训练或向任何第三方披露合作方数据。
是否支持私有化集群环境部署与本地数据中心联动？ ▼
支持完整的本地化与混合云私有化部署方案。平台提供轻量容器化或整套异构 GPU 超算集群交付版本，算法模块可无缝对接药企内部网络，并适配主流资源调度系统（如 Slurm、Kubernetes），确保全部计算流转不出企业安全边界。
平台如何与药企现有实验室 LIMS 系统及化合物库集成？ ▼
平台配备标准化 RESTful 与 gRPC 工业数据接口，并提供符合行业通用格式的批量转换脚本（如 SDF, PDBQT, Mol2, SMILES）。可直接与各类主流实验室信息管理系统（LIMS）和电子实验记录本（ELN）实现双向同步，实现湿实验结果一键回传至模型进行二次微调。
湿实验验证的交付周期与合成成功率通常如何把控？ ▼
平台深度集成了基于真实反应规则的逆合成路线评分引擎，生成的分子默认剔除高合成难度骨架。常规先导化合物的定制合成及体外 SPR/酶活初筛周期一般在 14 至 28 个工作日内完成，实体分子一次性化学合成成功率稳定保持在 92% 以上。
算力试用与研发合作
即刻接入工业级生物计算平台
我们为创新药企、科研高校与临床研究机构提供定制算力试用席位及联合攻坚通道。提交您的研发方向，资深计算生物学家将在 24 小时内与您评估靶点可行性。
@
官方科研对接邮箱：[email protected]
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技术支持专线：010-8288-6628 (工作日 9:00 - 18:00)
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线下实验室：北京市海淀区中关村生命科学园创新孵化大厦B座7层
提示：所有试用申请均在机密保护协议（NDA）框架下处理，请放心填写目标靶标分类。